Cookie Run merupakan satu siri permainan berlari mudah alih dalam talian. Permainan asas terbaharu mereka, Cookie Run: Ovenbreak (Larian dari Ketuhar), di mana pemain perlu berlari dengan sepasang biskut dan makhluk peliharaannya, dengan pilihan untuk menggunakan harta karun bagi memberi bonus kepada permainan tersebut, semuanya membawa sejumlah mata yang berbeza bergantung pada kombinasi (Combi) yang digunakan. Cookie Run pada masa ini merangkumi 6 mod permainan, dengan beberapa mod permainan khas yang hanya boleh dimain sepanjang sesetengah acara. Cookie Trial (Cubaan Biskut) merupakan mod permainan di mana anda berlari menggunakan pasangan combi tertentu yang telah ditetapkan. Dalam mod tersebut, anda perlu berusaha untuk mendapatkan sebanyak mungkin markah untuk naik ke peringkat, dari Gangsa ke Berlian. Setiap kali peringkat baharu dicapai, anda akan mendapat ganjaran baru. Apabila biskut baharu diterbitkan, ia akan mendapat satu Cookie Trial, dan akan ada satu acara Piala Biskut Baharu (New Cookie Cup), yang memberi anda ganjaran tambahan untuk setiap peringkat, seperti lebih banyak kristal atau peti yang akan digunakan di Gacha untuk mendapat biskut, makhluk peliharaan, atau harta karun baharu.

Trophy Race (Lumba Piala) merupakan mod berbilang pemain dalam talian di mana anda bermain dengan sehingga 10 pemain di serata dunia untuk mendapatkan skor tertinggi. Semakin tinggi skor yang diperolehi, semakin banyak Piala (Trophy) yang anda akan dapat. Piala digunakan untuk membuka kawasan baharu hingga ke peringkat Champion's League (Liga Johan). Champion's League merupakan mod di mana pemain yang paling mahir berlari di 3 arena, untuk memperolehi pangkat pada akhir musim. Dengan berlari di Champion's League, anda akan memperolehi Pingat (Medal), yang dapat ditukar dengan barang, biskut, kostum, makhluk peliharaan, atau harta karun di satu kedai. Champion's League juga mempunyai satu Hall of Fame (Dewan Termasyhur), di mana anda akan memberi penghormatan kepada tiga pemain terhebat dikenali sebagai Grand Champion (Johan Raya) di seluruh dunia, secara percuma, untuk mendapat ganjaran seperti kristal, Tiket Penyelamat (Rescue Ticket), atau syiling.

Setiap empat bulan, satu Grand Champion's League (Liga Johan Raya) akan diadakan, di mana pemain perlu bayar 3,000 kristal untuk sebagai yuran kemasukan, dan perlu bersaing dengan pemain-pemain berkemahiran tinggi dari serata dunia. Tiga pemain yang mendapat markah tertinggi akan dinobatkan sebagai Grand Champion sepanjang empat bulan. Bagi tahun 2020, Cookie Run telah mengadakan acara khas Grand Prix bagi setiap Grand Champion's League yang diadakan pada tahun itu. Di dalam acara Grand Prix, pemain-pemain akan dibahagi kepada empat rantau, Glasier (Glacier), Dataran (Plains), Lautan (Ocean) dan Padang Pasir (Desert).

Breakout (Pelarian Diri) merupakan mod utama Cookie Run, di mana mana-mana dari 3 hingga 12 biskut akan berlari untuk melepaskan diri dari ketuhar. Setiap pengganti akan menambah lebih banyak mata ke markah anda yang digunakan untuk menentukan pangkat anda untuk jangka masa tertentu. Peringkat yang lebih tinggi akan memberi anda lebih banyak kristal pada akhir satu musim, dan biskut atau makhluk peliharaan legenda jika anda mencapai peringkat Berlian pada akhir tempoh tersebut.

Island of Memories (Pulau Kenangan) merupakan satu mod permainan di mana anda akan mengikuti kisah "Hero Cookie" (Biskut Adiwira), "Cheerleader Cookie" (Biskut Penyorak), dan "Dr Wasabi" dan cucunya "Mustard Cookie" (Biskut Biji Sawi), dengan jenis pertarungan bos baharu bagi setiap Island of Memories yang anda pergi. Setiap peringkat yang dimainkan akan memberi anda bintang bergantung pada seberapa baik anda menyelesaikan objektif tertentu, yang digunakan untuk membuka kunci barang seperti kostum, kristal, syiling, dan pulau serta biskut lain.

Mod terbaharu Cookie Run, Guild Run (Larian Perseikatan), merupakan satu mod permainan di mana anda berjalan dengan ahli lain dalam Perseikatan (Guild) anda, satu kumpulan interaktif di antara pemain di serata dunia, di mana anda boleh berlari, memasak, dan meneroka pelbagai kawasan secara bersama-sama. Guild Run dibahagikan kepada tiga musim kompetitif pada setiap tahun, di mana 4 Perseikatan akan bertarung dengan satu sama lain di kawasan berbeza, masing-masing mempunyai bonus yang berbeza. Peringkat yang diperolehi dalam Guild Run menentukan pangkat Perseikatan anda, yang memberi ganjaran kepada pemain, bergantung pada kadar penyertaan mereka, dan pangkat itu sendiri.